Con base en los elementos que dieron origen, y en las reflexiones y discusiones permanentes que general por la dinámica de crear alternativas educativas con imaginación y que responda a necesidades reales, la misión de la institución es formara profesionales en los diversos campos de la ciencia, la tecnología, las humanidades y las artes, y alcanzar su desarrollo integral tomando como punto de partida la promoción y desarrollo de aprendizaje significativos, emergentes, críticos y constructivos, asumiendo como ejes de la educación la generación y apropiación del conocimiento científico, la preservación y difusión de la cultura, así como la extensión de los servicios con un alto sentido de responsabilidad social.
El CUHM es, por todo esto, un espacio libre de formación superior, destinada a educa ciudadanos capaces de participar activamente en la sociedad, abiertos al mundo y a sus cambios, en un marco de justicia y respete de los derechos humanos, del desarrollo sustentable, la democracia y la paz. Es también un espacio de formación para la comprensión, interpretación, preservación, reforzamiento, fomento y difusión de las culturas nacionales y regionales, internacionales e históricas en un contexto de pluralismos y diversidad.
